Le Fonds Programmes représente 85% de la dotation annuelle et couvre les domaines d’intervention Eau et Assainissement et Autres actions de développement durable dans les pays émergents, ainsi que la Solidarité et l'Education à l'environnement en France.

La sélection des projets se fait dans le cadre de deux commissions annuelles. L’avis du collège d’experts de la Fondation est sollicité lors des commissions, via un forum.

Inscrits dans une démarche de moyen terme, les projets du Fonds programmes bénéficient d’un accompagnement soutenu tout au long de leur déroulement.
Des évaluations externes sont réalisées. Elles peuvent être définies contractuellement à mi-parcours, en fin de programme ou réalisées lorsque cela est jugé souhaitable.

Le montant minimum de la dotation par projet est de 40 000 € par an, et l’appui octroyé pour au moins deux ans.La Fondation peut prendre une participation jusqu’à 50% du budget total du projet, dans la limite d’une subvention maximale de 300 000 €.

Les projets auxquels la Fondation participe se situent pour 45% en Afrique, 35% en Asie et 17% en Amérique latine et 10% en France.